Vedec našiel vymazané sekvencie koronavírusu. Tu je to, čo to znamená pre SARS-CoV-2

Ilustrácia genetického materiálu v rámci koronavírusu. (Joao Paulo Burini/Moment/Getty Images)

Hľadanie príbehu o pôvode SARS-CoV-2 , koronavírus zodpovedný za takmer 3,9 milióna úmrtí na celom svete, bol do značnej miery brzdený nedostatočným prístupom k informáciám z Číny, kde sa prípady prvýkrát objavili.

Teraz výskumník v Seattli vykopal zmazané súbory z Google Cloud, ktoré odhaľujú 13 čiastočných genetických sekvencií pre niektoré z prvých prípadov COVID-19 vo Wu-chane, informoval Carl Zimmer The New York Times .

Sekvencie nenakláňajú misku váh smerom k jednej z mnohých teórií o tom, ako vznikol SARS-CoV-2, ani od nej – nenaznačujú vírus unikol z prísne stráženého laboratória vo Wu-chane, ani nenaznačujú prirodzené prelievanie.



Potvrdzujú však myšlienku, že nový koronavírus sa šíril skôr ako prvé veľké prepuknutie na trhu s morskými plodmi.

Súvisiace: 14 mýtov o koronavíruse vyvrátených vedou

Aby bolo možné presne určiť, ako a kde vírus vedci potrebujú nájsť takzvaný progenitorový vírus, ten, z ktorého pochádzajú všetky ostatné kmene.

Doteraz boli najskoršími sekvenciami primárne tie, ktoré sa odobrali z prípadov na trhu s morskými plodmi Huanan vo Wu-chane, o ktorom sa pôvodne predpokladalo, že sa tam koncom decembra 2019 prvýkrát objavil nový koronavírus.

Prípady zo začiatku decembra až do novembra 2019 však nemali žiadne väzby s trhom, čo naznačuje, že pomerne skoro pandemický že vírus sa objavil z iného miesta.

S tými prvými genetickými sekvenciami bol jeden nepríjemný problém. Tie z prípadov nájdených na trhu zahŕňajú tri mutácie, ktoré chýbajú vo vzorkách vírusov z prípadov, ktoré sa objavili o týždne neskôr mimo trhu.

The vírusy chýbajúce tieto tri mutácie sa viac zhodujú s koronavírusy vyskytujúce sa u podkovárov. Vedci sú si relatívne istí, že nový koronavírus nejakým spôsobom vznikol z netopierov, takže je logické predpokladať, že tieto mutácie budú chýbať aj progenitorovi.

A teraz Jesse Bloom z Howarda Hughes Medical Institute v Seattli zistil, že vymazané sekvencie – pravdepodobne niektoré z prvých vzoriek – tiež neobsahujú tieto mutácie. (Bloom je hlavným autorom listu uverejneného v máji v časopise Veda naliehanie na nestranné vyšetrenie pôvodu koronavírusu, Informovala o tom Live Science .)

'Sú o tri kroky viac podobné netopierím koronavírusom ako vírusom z rybieho trhu Huanan,' povedal Bloom. The New York Times . Tieto nové údaje naznačujú, že vírus cirkuloval vo Wu-chane dlho predtým, ako sa objavil na trhu s morskými plodmi, povedal Bloom.

„Táto skutočnosť naznačuje, že trhové sekvencie, ktoré sú hlavným zameraním genomickej epidemiológie v v spoločnej správe WHO a Číny … nie sú reprezentatívne pre vírusy, ktoré kolovali vo Wu-chane koncom decembra 2019 a začiatkom januára 2020,“ napísal Bloom vo svojom príspevku, ktorý 22. júna odovzdal do predtlačovej databázy. bioRxiv .

Podľa Zimmera asi pred rokom zmizlo 241 genetických sekvencií od pacientov s koronavírusom v online databáze s názvom Sequence Read Archive, ktorú spravuje National Institutes of Health (NIH).

Bloom si všimol chýbajúce sekvencie, keď narazil na tabuľku v štúdii publikovanej v máji 2020 v časopise PeerJ v ktorej autori uvádzajú 241 genetických sekvencií SARS-CoV-2 do konca marca 2020; sekvencie boli súčasťou projektu Wuhanskej univerzity s názvom PRJNA612766 a údajne boli nahrané do archívu čítania sekvencií.

Hľadal v archívnej databáze sekvencie a dostal správu 'Nenašli sa žiadne položky,' napísal Bloom v novinách bioRxiv, ktoré neboli recenzované.

Súvisiace: 11 (niekedy) smrteľných chorôb, ktoré preskočili medzi jednotlivými druhmi

Jeho sledovanie odhalilo, že vymazané sekvencie zozbierali Aisu Fu a Renmin Hospital z Wuhanskej univerzity a predtlač výskumu publikovaného na základe týchto sekvencií (označovaný ako Wang et al. 2020) naznačuje, že pochádzajú zo vzoriek výterov z nosa od ambulantných pacientov s podozrenie na COVID-19 na začiatku epidémia .

Bloom nemohol nájsť žiadne vysvetlenie, prečo boli sekvencie vymazané, a jeho e-maily obom zodpovedajúcim autorom, aby sa spýtali, nedostali žiadnu odpoveď.

„Neexistuje žiadny hodnoverný vedecký dôvod na deléciu: sekvencie sú dokonale zhodné so vzorkami opísanými vo Wang et al. (2020a,b),“ napísal Bloom v bioRxiv.

V papieri nie sú žiadne opravy, dokument uvádza, že bol získaný súhlas ľudských subjektov a sekvenovanie neukazuje žiadny dôkaz kontaminácie plazmidom alebo kontamináciou medzi vzorkami. Zdá sa preto pravdepodobné, že sekvencie boli vymazané, aby sa zakryla ich existencia.“

Bloom poznamenáva niekoľko obmedzení svojej štúdie, predovšetkým to, že sekvencie sú iba čiastočné a neobsahujú žiadne informácie, ktoré by poskytli jasný dátum alebo miesto zberu – informácie rozhodujúce pre vysledovanie vírusu späť k jeho pôvodu.

Bez ohľadu na to si Bloom myslí, že hlbší pohľad na archivované údaje z NIH a iných organizácií – a poskladanie sekvencií – by mohlo pomôcť vytvoriť jasnejší obraz o pôvode a skorom šírení SARS-CoV-2, a to všetko bez potreby základné štúdie v Číne.

Prečítajte si viac o vymazaných sekvenciách na The New York Times .

Súvisiaci obsah

20 najhorších epidémií a pandémií v histórii

12 najsmrteľnejších vírusov na Zemi

28 ničivé infekčné choroby

Tento článok pôvodne publikoval Živá veda . Prečítajte si pôvodný článok tu .

O Nás

Publikácia Nezávislých, Osvedčených Skutočností O Správach O Zdraví, Priestore, Prírode, Technológii A Životnom Prostredí.