Väzba koronavírusu na ľudský bunkový receptor. (Juan Gaertner/Science Photo Library/Getty Images) Sotva ste si mysleli, že všetky reči o nových variantoch COVID skončili, máme správy o ďalšej: AY.4.2. Ale čo to je, odkiaľ to prišlo a mali by sme sa o to zaujímať?
AY.4.2 je to, čo sa nazýva 'línia'. Toto sú štítky priradené vetvám evolučného stromu COVID na ilustráciu ich príbuznosti. Dohliadajú na nich usilovní Sieť Pango , spoločný tím výskumníkov z univerzít v Edinburghu a Oxforde, ktorí pôsobia ako správcovia línií a riešia prideľovanie nových.
Ak sa vrátime do apríla tohto roku, môžeme vystopovať pôvod AY.4.2. Náš tím v Northumbrii, ktorý pracuje ako súčasť Cog-UK – britské konzorcium, ktoré sekvenuje genómy vzoriek COVID, aby zistilo, ako sa vírus sa mení – práve som sekvenoval dve vzorky spojené cez históriu cestovania do Indie.
V tom čase sme vedeli, že línia cirkulujúca v Indii bola B.1.617, ale prípady, ktoré sme vybrali, tomu nezodpovedali. Varianty sa odlišujú rôznymi mutáciami, ktoré majú vo svojom genetickom materiáli, a pri pohľade na mutácie v našich vzorkách sa zdalo, že v našich prípadoch chýbali niektoré bežne akceptované mutácie B.1.617, ale mali aj niektoré ďalšie.
To, čo sme hlásili kolegom v Cog-UK, bolo nasledujúci týždeň klasifikované ako B.1.617.2, jedna z troch hlavných podriadkov B.1.617, ktorá bola neskôr pomenovaná delta tým Svetová zdravotnícka organizácia .
AY je ďalším evolučným krokom vpred. Akonáhle sa označenie línie dostane do hĺbky piatich úrovní, začne sa nová kombinácia písmen, aby sa zabránilo príliš dlhému názvu. Takže AY formy vírusu nie sú výrazne odlišné od toho, čo prišlo predtým, aj keď ich označenie je odlišné. Všetky sú podriadkami delty.
Teraz je identifikovaných 75 línií AY, z ktorých každá má vo svojom genóme rôzne ďalšie definujúce mutácie. Jeden z nich – AY.4 – v Spojenom kráľovstve v posledných mesiacoch neustále rastie, čo predstavuje 63 percent nových prípadov v Spojenom kráľovstve za posledných 28 dní .
Má AY.4 výhodu?
Stále si nie sme istí, či mutácie AY.4 poskytujú skutočnú výhodu, alebo či rastúca frekvencia línie je jednoducho spôsobená tým, čo sa nazýva 'efekt zakladateľa' . To je, keď podmnožina vírusy sa oddelia od celkovej vírusovej populácie a potom sa reprodukujú izolovane. V oblasti, kde sa nachádzajú oddelené vírusy, budú teda všetky nasledujúce vírusy potomkami tejto podskupiny.
V prípade COVID sa to mohlo stať tak, že na veľkej udalosti došlo k jedinému prípadu. Tento osamelý vírus by bol „zakladateľom“, jediným vírusom šíriacim sa na podujatí. Ak infikoval značný počet ľudí, ktorí neskôr infikovali ďalších, mohlo sa rýchlo vytvoriť veľké množstvo vírusu rovnakého pôvodu. Niekedy, aby určitá forma vírusu dominovala, nemusí byť lepšia ako ostatné – jednoducho musí byť v správnom čase na správnom mieste.
Ale vzhľadom na svoj vzostup dominancie v Spojenom kráľovstve môže mať AY.4 selektívnu výhodu. Definujúcou zmenou v AY.4 je mutácia A1711V, ktorá ovplyvňuje vírusový proteín Nsp3, ktorý hrá množstvo úloh pri replikácii vírusu. Vplyv tejto mutácie však nie je známy.
To nás privádza k AY.4.2 – podradu AY.4 – ktorý bol prvýkrát zaznamenaný na konci septembra, aj keď sa zdá, že sa objavil v Spojenom kráľovstve okolo júna. Je definovaný dvoma ďalšími genetickými mutáciami, Y145H a A222V, ktoré ovplyvňujú spike proteín. The spike proteín je kľúčovou súčasťou vonkajšieho povrchu vírusu a je súčasťou jeho štruktúry, ktorú používa na to, aby sa dostal do buniek.
AY.4.2 neustále rástol v objeme do bodu, v ktorom teraz zodpovedá asi 9 percent prípadov v Spojenom kráľovstve za posledných 28 dní . Bol tiež pozorovaný v niekoľkých európskych krajinách: v Dánsku, Nemecku a Írsku, aby sme vymenovali aspoň niektoré.
Nie je však jasné, či jeho dve mutácie ponúkajú vírusu selektívnu výhodu. A222V bol predtým videný minulý rok v línii B.1.177, ktorá pravdepodobne vznikol v Španielsku a potom bol rozšírený po severnej Európe, s najväčšou pravdepodobnosťou dovolenkármi.
V tom čase boli mnohí skeptickí, že A222V poskytuje výhodu. V skutočnosti sa zdá, že k nárastu formy vírusu, ktorý sa stal známym ako AY.4.2, došlo len odvtedy, čo získal svoju mutáciu Y145H.
Táto mutácia je v „antigénnom supermieste“ spike proteínu – časti proteínu, ktorý protilátky často rozpoznať a zamerať sa. Vieme, že táto časť spike proteínu už bola raz modifikovaná mutáciou v genetickom materiáli delty, a že tento prípadne prispieva k väčšej schopnosti delty uniknúť imunite, pretože protilátky sa na ňu v dôsledku toho ťažšie zameriavajú.
Výskum, ktorý to skúma, je však stále v predtlači, čo znamená, že ešte musí byť formálne preskúmaný - takže s jeho zisteniami musíme zaobchádzať opatrne.
Je však možné, že mutácia Y145H by mohla poskytnúť vírusu ešte väčšiu schopnosť uniknúť imunite tým, že by bolo toto supermiesto menej rozpoznateľné pre protilátky.
Protiargumentom je, že napriek zavedeniu do niekoľkých európskych krajín sa AY.4.2 neujal a stratil radar v Nemecku a Írsku – hoci v Dánsku pretrváva. To by naznačovalo, že jeho schopnosť obísť imunitu nie je o nič väčšia ako delta. Rovnako sa môže stať, že na tieto miesta neprišlo dosť AY.4.2 na to, aby sa uchytil.
Naozaj, je príliš skoro povedať, či toto je začiatok ďalšej dominantnej línie. Akákoľvek schopnosť, ktorú môže mať, uniknúť imunite, musí byť potvrdená experimentálnou prácou. Je zrejmé, že jeho objavenie sa ukazuje, že existuje neustála potreba genómového dohľadu nad vírusom. 
Matthew Bashton , Vedúci pracovník v oblasti výpočtovej biológie, Northumbrijská univerzita, Newcastle a Darren Smith , profesor biológie bakteriofágov, Northumbrijská univerzita, Newcastle .
Tento článok je znovu publikovaný z Konverzácia pod licenciou Creative Commons. Čítať pôvodný článok .